飞燕草有花和果实。它的花序一般生长在分枝的顶端，下端的苞片为叶壮，上端的较小，萼片为紫色、粉色或白色，表面有柔毛。花瓣有三裂，中间的那片顶端还有浅裂，形状为卵形。它的果实为蓇葖果，长1.8厘米，里面含有种子，种子长2毫米。
