萍蓬草每年都能开花，花期一般在5-7月份。作为水生植物，它的花和叶子都在水面上，而且一次只开一朵，花谢后才会有其他花苞长出，如同排队一样开花。其花直径在3-4厘米之间，萼片为黄色，形状为矩圆形。花瓣为窄楔形，柱头为淡黄色或带红色。
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